This page is devoted to some ideas arising during my "Chemistry in 3D" Class. All my courses are available to registered students on the ARCHE Platform by the University of Lorraine.
Archive 2020.. avant confinement
Chimie 3D, L1 PC 2019-20, FST Université de Lorraine - Nancy
Premiere semaine de Travaux Dirigés.
Nous avons exploré les bases du dessin en 3D par des outils de modélisation moléculaire
et le concept d'optimisation de géométrie.
En utilisant le logiciel Avogadro, nous avons appris à manipuler les fonctions basiques pour dessiner des molécules, en mesurer et modifier les propriétés géométriques, les imaginer en interaction entre elles.
Travaux Pratiques, Séances 1-2 (Dynamique Moléculaire)
Quel est le lien entre les mouvements des molécules et les paramètres d'un champs de force ?
Nous travaillons à la compréhension de ces concepts à l'aide de petites animations.
Pour illustrer la phase d'équilibration, nous visualisons, avec une représentation en ruban, l'évolution de la structure de la protéine Trp-cage pour une montée en T (0K->325K).
Familiarisation avec le dispositif VR : nous explorons la structure de la protéine en 3D.
Travaux Dirigés, Séance 3 (Orbitales 3D)
La régularité dans le nombre de surfaces nodales des orbitales atomiques de l'atome H explorée en utilisant le site www.falstad.com.
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Nous complétons notre apprentissage en atomistique du premier semestre avec des calculs quantiques de structure électronique.​
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Travaux Dirigés, Séance 5 (Stéréochimie, Symétrie)
À l'aide de modèles en plastique, nous étudions l'orientation d'une molécule d'éthane (conformation décalée et éclipsée) pour que celle-ci soit cohérente avec celle utilisée pour définir les projections de Newman. Visualisation par Gaussview6 dans l'image en violet.
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Projections de Newman, conformère gauche du 1,2-dichloroéthane.
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Quand une liaison OH "se regarde" dans un mirroir...​
..on voit une molécule d'eau !